1944年冬天，耿幸堂同表兄杨锡光一起到徐庄区干队长孙华永处报名参加了八路军。上级安排他和表兄负责本区的宣传工作，没几天，他俩就把附近几个村庄的墙上写满了革命标语，向群众宣传革命思想。之后跟随徐庄区干队转战登封各地。一天，他和区干队急行军20多里到达何门村，对驻在那里的日伪军作战，战斗一打响，敌人就被我军的气势吓得四处逃窜，结束时，我方缴获了敌军大量子弹和20多支枪。1945年，农历正月十四，表现突出的耿幸堂和表哥杨锡光被队长孙华永推荐到八路军豫西抗日军政干校杨树林分校学习。第二天他和学校几百名学员一起到西白坪欢迎军区司令员王树声、政委戴季英带领的大部队，当日夜晚便遭到了日军的扫荡，耿幸堂和所在学校随部队大转移，连夜行军，由马峪川出发，从徐庄向北，经告成、卢店、唐庄等地，天明到达唐庄北山，白雪皑皑的山路上，大家筋疲力尽……这时，皮司令走在学员中间，他问：“小鬼们冷不冷？”“不冷！”将士们的回应响彻山谷。“好！为人民服务的我们是不怕冷的！”大家的士气得到了极大地鼓舞。

干校的教育课程注重理论和实践相结合，大家不仅要了解党的各项方针，学习毛泽东思想，关注时事政治，更要把学到的军事知识应用到实践中去。由于处在战争的环境中，敌人不断骚扰，各中队都配有枪支弹药，无论住到哪里，晚上都要站岗放哨。一个闷热的夏夜，大家都已经休息了，突然听到村南头有几声枪响，接着是机枪扫射的声音。像是日军来扫荡了，耿幸堂和同学们连忙拿起衣服顾不得穿，帮着携儿带女的群众赶牲口、挑担子，成群结队的向北部转移。当听到上庄司令部传来的集合号声时，大家才明白这是一场军事演习，又返回原地。这次行动对每个学员来说，既是一次考验，又是一堂生动的军事课。

有一次学校跟着大部队转移，行至潘龙山深处时，天漆黑一团，伸手不见五指，后边的人都是摸着前边人的背包行走。一会，传来“往后传不许说话”、“往后传靠右边走”、“往前传见村住下”等命令，原来左边是深不见底的沟，只隐约听到流水声，真是又惊又险。特殊的学习条件，给学校带来了流动性，学员的学习和生活都很艰苦。耿幸堂和各中队都是自己动手做饭，自力更生，每住一个地方，都严格执行《三大纪律八项注意》，临走时把向群众借住的地方关好门窗扫好地。听报告时（也就是讲课）找树林子趁凉荫，学员大部分坐在石头上，膝盖当桌子废纸当笔记本，讨论时就在地上围一圈。在这种艰苦的条件下学习，大家的学习情绪仍很高涨，气氛很活跃，内容丰富多彩。全校一集中，唱歌拉拉队就开始啦，“女生队来一个！”“三中队来一个！”“青年队再来个好不好！”在反法西斯战争取得伟大胜利时，当地政府组织庆祝活动，耿幸堂和所在的抗日干校也积极参加。他在两只耳朵上坠了两个纸炮当演员，倒骑毛驴参加宣传活动，和全校师生共同营造了团结、紧张、严肃、活泼的氛围。

同年7月，干校结业后的耿幸堂被分配到军区供给部，参与筹备印钞工作。抗日战争胜利后的10月1日，他随八路军豫西抗日部队南下桐柏，同李先念领导的新四军五师会师，被整编为中原军区，行至河南省驻马店市遂平县时被部队供给部抽去征税、筹粮。1945年11月，他在河南省驻马店市西平县出山镇经供给部指导员王守亮介绍加入共产党，1946年元旦到河南省信阳市息县转正。